１．バックアップの作成
まずは、FTPクライアントソフトを使い、以下をローカルにバックアップします
・アプリケーションディレクトリ（mt.cgiの置いてあるディレクトリ）
・ブログディレクトリ（index.htmlのあるディレクトリ）、アーカイブディレクトリ

また、ブログのバックアップ機能を使ってのバックアップも作成しておくといっそう安心でしょう。
MT管理画面から、システムメニュー -> ツール -> バックアップ で作成できます。
ただし、バックアップファイルはMTのバージョン違いによる互換性がないようです。

参考：バックアップしたブログの復元

バックアップファイルは、必ずバックアップを行った Movable Type と同じ環境で復元してください。例えば、Movable Type 4.1 の環境で、バックアップしたファイルを Movable Type 4.2 で復元したいとき、まず、Movable Type 4.1 で (緊急時用) バックアップを作成後、その Movable Type を Movanle Type 4.2 にアップグレードし、再度バックアップファイルを作成します。その Movable Type 4.2 の環境で作成したバックアップファイルを使用して、復元したい Movable Type 4.2 の環境で復元します。

２．データベースのバックアップ
XREAの管理画面からログインし、使用しているデータベースを選択し、「保存」をクリックします。
FTPクライアントソフトで、サーバに接続し「mysql.dump」が作成されていることを確認します。
念のため「mysql.dump」もローカルに保存しておきます。
このほかにも、phpMyadminを使ったバックアップ方法もあります。

３．アプリケーションディレクトリのリネーム
MTの動作に必要なファイルの置かれているディレクトリをリネームします。
mt.cgiなどが置かれているディレクトリのことを指しています。

例えば mt というディレクトリであれば、リネームして mt -- old 等にします。

４．アプリケーションディレクトリ作成・アップロード
リネームする前と同じ名前のアプリケーションディレクトリを作成します。
そのディレクトリに、MT4.2のプログラム一式をアップロードします。

５．mt-config.cgiの復旧・パーミッションの設定
１で作成したバックアップの中から、mt-config.cgiを探し出し、新たに作成したアプリケーションディレクトリにアップロードします。
続いて４でアップロードしたアプリケーションディレクトリ直下にあるCGIファイルの属性を755に変更します。
ただし、mt-config.cgiの属性は変更せずそのままにします。

６．ブラウザからmt.cgiにアクセス
画面の指示に従い、アップグレード作業を行います。

７．プラグインなどを復旧
必要に応じて、使用していたプラグインなどを復旧します。
ただし、下記の2つのプラグインは本体機能に統合されたので、旧ディレクトリからコピーする必要はありません。
・ Widget Manager
・ Template Refresh

以上でアップグレード作業は終了です。

☆小粋空間様のテンプレートの場合
１．デフォルトで表示されている広告表示を外す
MT4管理画面の「デザイン」 -> 「テンプレート」 -> 「テンプレートモジュール」 -> 「ヘッダー」を開きます。
好きな位置に次のタグを挿入します

<!--nobanner--> 

２．広告の位置をブログのタイトルに右側にする
広告と調和させるために、今回は広告をブログタイトルの右側に表示するようにします。
先ほど開いた「ヘッダー」テンプレート内に以下のような記述があります。

<div id="header">
<h1 id="blog-name"><a href="<$MTBlogURL$>" accesskey="1"><$MTBlogName encode_html="1"$></a></h1>
<MTIfNonEmpty tag="BlogDescription"><p class="blog-description"><$MTBlogDescription encode_html="1"$></p></MTIfNonEmpty>
</div>

これを以下のように変更します。

<div id="header-block">
<h1 id="blog-name"><a href="<$MTBlogURL$>" accesskey="1"><$MTBlogName encode_html="1"$></a></h1>
</div>
<div id="header-ad">
広告タグをここに挿入
</div>
<br clear="all" />
<MTIfNonEmpty tag="BlogDescription"><p class="blog-description"><$MTBlogDescription encode_html="1"$></p></MTIfNonEmpty>
</div>

次に、「デザイン」「テンプレート」「スタイルシート」を開きます。
自分のわかりやすい部分に以下の２行を書きくわえます。

#header-block { float:left; width:345px; padding:10px 0px 10px 0px; margin:0px 0px 10px 0px;}
#header-ad    { float:left; width:468px; padding:0px;   margin:0px 0px 10px 0px; }

以上で広告との調和を行うことができます。
オリジナルのテンプレート等を使用されている場合はこの記事をヒントに改造してみてください。

１．バックアップの作成
まずは、FTPクライアントソフトを使い、以下をローカルにバックアップします
・cgiを設置したディレクトリ（mt.cgiの置いてあるディレクトリ）
・ブログディレクトリ（index.htmlのあるディレクトリ）、アーカイブディレクトリ

２．データベースのバックアップ
XREAの管理画面からログインし、使用しているデータベースを選択し、「保存」をクリックします。
FTPクライアントソフトで、サーバに接続し「mysql.dump」が作成されていることを確認します。
念のため「mysql.dump」もローカルに保存しておきます。
このほかにも、phpMyadminを使ったバックアップ方法もあります。

３．エントリー・コメント・トラックバックのエクスポート
データベースのバックアップができていれば問題はありませんが、心配な場合などはMTのエクスポート機能を利用し、エントリーなどのバックアップを作成します。
この方法では完璧なバックアップは作成できませんが、基本的な情報をバックアップすることが可能です。
MTの管理画面より「読み込み/書き出し」をクリックし、「エントリーの書き出し」をクリックします。
後は「XXからエントリーを書き出す」をクリックすると、ファイルのダウンロードをすることができます。

４．MT3を削除
１～３のバックアップを作成した後、FTPクライアントソフトを使い、cgiを設置したディレクトリをすべて削除します。
この際に、アーカイブファイルなど必要なファイルを誤って削除しないように気を付けてください。

５．MT4をアップロード
MT3の削除が終わったら、MT4をサーバにアップロードします。

６．mt-config.cgiの復旧
１のバックアップから「mt-config.cgi」を探し出し、サーバにアップロードします。
旧バージョンで mt-config.cgi が存在せず、mt.cfg の場合は、mt-config.cgi にリネームしたものをアップロードします。

７．カスタマイズの反映
「default_templatesディレクトリ」や「search_templatesディレクトリ」内のテンプレートをカスタマイズしていた場合は、１で作成したバックアップから、それらをアップロードします

８．mt.cgiにアクセスしアップグレード
設置したmt.cgiにアクセスし、あとは画面の指示に従いアップグレードします。

ブログのメニューで「テンプレート」をクリック、更に 「システム」タブをクリックします。
「コメント・プレビュー」テンプレートをクリックして表示させ、以下の３行（連続ではありません）を探します。

詳しい修正方法は、Six Apartの当該記事をご覧ください。

まずは設置したＭＴにアクセスします。
http://YOUR-ID.S***.xrea.com./x/任意のフォルダ/

すると以下のような画面が出てきます。
まずは、システムチェックを実行をクリックします。

システムチェックが正常に完了していことを確認したのち、前の画面に戻り、ログイン画面をクリックします。

ログイン画面をクリックすると以下のような画面が出てきます。

ユーザ名、表示名、メールアドレスなどの必要事項を記入し「次へ」をクリックします。

すると、一番はじめに設置するブログの作成画面が表示されます。
ブログ名と、設置するブログＵＲＬ、公開パスを記入します。（後からの変更も可能です）
設置するブログURLと公開パスは対応させてください。
また、広告につかないディレクトリ(xディレクトリ)以下に設定すると、広告が自動挿入されませんので、それ以外を設定してください。
タイムゾーンはUTC+9(日本標準時)を選択します。

すべての記入が終わったら「インストール」ボタンをクリックします。
インストールが完了すると以下のような画面が出現しますので、「Movable Typeへサインイン」をクリックします。

すると、以下のようなMovable Typeの管理画面が表示されます。

以上でMTの設置は完了です。

アップロードする場所は、「手順２：MTを動かすための設定」で、「mt-config.cgi」の15行目「CGIPath」に設定したディレクトリにアップロードします。
mt-static/imagesディレクトリ内のファイルはバイナリーモードで、それ以外はASCIIモードでアップロードしてください。

アップロードするファイル数が多いため、アップロードがすべて終わるまでには時間がかかります。
しかし、アップロード中は目を離さず、正常にアップロードが行われていることを確認してください。

アップロードが終わったら次はパーミッションの設定を行います。
アップロードしたファイルのうちCGIファイル（mt-config.cgiを除く)のパーミッションを755に設定します。

以上でサーバにファイルをアップロードする作業は終了です。

ファイルを解凍すると以下のようなフォルダ・ファイルが出てきますので、その中から「mt-config.cgi-original」を見つけ「mt-config.cgi」にリネームします。

リネームしたファイルをエディタで開いて編集します。
エディターはメモ帳などでもかまいませんが、「TeraPad」や「HeTeMuLu Creator」「TTT Editor」などがお勧めです。

１．CGIPayhの設定
「mt-config.cgi」を開いたら以下の項目を設定します。
まず、15行目のCGIPathを設定します。
ここにはCGIを置くディレクトリを指定します。

初期値：http://www.example.com/cgi-bin/mt/
設定後：http://YOUR-ID.s***.xrea.com/x/任意のフォルダ/

MTのCGIは、XREAで自動的に挿入される広告の影響で、正常に動作しないことや、エントリー（記事）の編集画面に乱れが生じることがあります。
このため、広告が自動挿入されない「x」ディレクトリ以下に設置します。
＊XREAのユーザー掲示板で、「サイトの管理者のみしか見ないページ（CGIの管理画面等）は広告を挿入しないでの運営が可能」との見解がありますので、規約違反にはなりません。

２．StaticWebPathの設定
XREAでは、CGIファイルと同じ場所に静的ファイルを置くことが可能で、StaticWebPathを設定する必要がありませんので21行目の先頭に「#」を加えます。
初期値：StaticWebPath http://www.example.com/mt-static
設定後：#StaticWebPath http://www.example.com/mt-static

３．使用データベースの設定
今回はMySqlを使い設置しますので、34行目以降を削除します。
そして、MySqlへの接続の設定を行います。

初期値：
##### MYSQL #####
ObjectDriver DBI::mysql
Database DATABASE_NAME
DBUser DATABASE_USERNAME
DBPassword DATABASE_PASSWORD
DBHost localhost

設定後：
##### MYSQL #####
ObjectDriver DBI::mysql
Database YOUR-DATABASE-NAME
DBUser DATABASE-USER-NAME
DBPassword YOUR-PSAAWORD
DBHost localhost

Databaseの項目にはデータベース名（XREAのユーザ名）、DBUserにはデータベースのユーザー名（XREAのユーザー名）、そしてDBPasswordにはデータベースのパスワードを記入してください。
なお、XREA+で複数のデータベースを作成している場合は、データベース名がXREAのユーザー名そのままではなくなりますので、適宜書き換えてください。

４．詳細の設定
ほとんどの場合は必要ありませんが、出力する文字コードなどを変更したい場合は、あらかじめ設定します。
詳しい設定項目は「環境設定ファイル mt-config.cgi の設定」をご覧ください。

広告がつかないディレクトリ（xディレクトリ)にMTを設置すると、検索結果画面に広告が自動挿入されません。
そのため、テンプレートに広告タグを手動で記入しておく必要があります。
「default_templates」内に「search_results.mtml」というファイルがあるのでエディターで開きます。
開いたファイルの一番先頭部分に、XREAの管理画面に載っている広告タグを記入します。

まずはじめに、データベースの作成（リセット）を行います。
XREAの管理画面にログインします。
ログインしたら、データベースをクリックし「MySqlの追加・編集」の「選択」にチェックを入れ、パスワード欄にパスワードを記入し、作成ボタンをクリックします。
MySqlのバージョンが５以降のサーバでは文字コードを選択することができますが、文字コードは特にこだわりのない限りEUC-JPで問題ありません。

データベースの作成（リセット）には時間がかかります。
その間に、Six ApartからMTをダウンロードしてきます。

ここまでの作業ができたら次のステップへ進みましょう。

まずは、データベースのリセット（作成）です。
XREAの管理画面からログインし、データベースを選択した後、作成をクリックします。

MySQL5系で無い場合は、文字コード選択は関係ありません。

MySQL5系のサーバーは、自分が設置したい文字コードを選んでから、データベースの作成をクリックします。
しかし、XREAでは、EUC-JP以外は正式にサポートされていませんので、特に文字コードにこだわりが無い場合は、EUC-JPで問題ないでしょう。
UTF-8で設置したい場合は「MySQL5以降のサーバーで文字化けする」もご覧ください。

データベースのリセット（作成）には時間がかかりますので、その間に他の設定を行います。

次はSix Apart社からMTを、ダウンロードしてきます。

ここまでが簡単な下準備です。
サーバーでのデータベースの準備とMTのダウンロードでした。

以下の方法で設置していただくと解消できます。
（管理人は現時点では未確認です。以下で解決出来ない場合、サポートBBSでご報告ください。）

１．データベースを作成する。
　　データベースを作成する際に、文字コード選択をUNICODEにして設置する。

２．UTF-8で設置した場合に起こる「テンプレートが文字化けし再構築できない」の対処を行う。　　

３．以降普通に設置しますが、「mt-config.cgi」の
　　57行目の
　　# SQLSetNames 1
　　を
　　SQLSetNames 1
　　に変更します。（文字化け対策）

----------
参考サイト：Memo ゆう様

１．XREAの管理画面からログインし、データベースをクリックします。

２．データーベースのリセットを行い、PhpMyAdminのインストールを行います。

データベースのリセット、phpMyAdminのインストールの反映されるまでしばらく待ちます。

３．phpMyAdminにログインします。
ユーザー名、パスワードを入力しOKをクリックします。

４．データベース名をクリックします。（すでにテーブルがある状況でも問題ないようです。）

５．右上の操作をクリックします。

６．ページ下部に表示される「照合順序」を「utf8_general_ci」に変更し実行をクリック

７．MTを設置します。

SERVER-NAMEの部分は使用しているサーバーによって適宜変更してください。

また、XREAサーバーIP情報からも管理画面にアクセスできます。

URLをお気に入り等に登録しておくことをお勧めします。

まず、広告の位置を変更したいテンプレートを開き、任意の部分に　<!--nobanner-->　を挿入します。
次に、タイトル部分を探します。

以下のタグがタイトル部分にあります。
<a href="<$MTBlogURL$>" accesskey="1"><$MTBlogName encode_html="1"$></a>
<$MTBlogDescription$>

このタグを以下のようにします
<TABLE BORDER="0" WIDTH="100%">
<TR><TD>
<a href="<$MTBlogURL$>" accesskey="1"><$MTBlogName encode_html="1"$></a>
<$MTBlogDescription$>
</TD><TD WIDTH="480">
　広　告　タ　グ　
</TD></TR>
</TABLE>

「extlib」フォルダ内に「CGI.pm」がありますので、エディターで開きます。
２箇所ほど変更する箇所があります。

1426行目の
my $protocol = $ENV{SERVER_PROTOCOL} || 'HTTP/1.0';
を以下のようにし、コメントアウトします。
#my $protocol = $ENV{SERVER_PROTOCOL} || 'HTTP/1.0';
先頭に「#」を加えるだけです。

そして、その下に以下の２行を加えます。
my $protocol = $ENV{'SERVER_PROTOCOL'};
$protocol = 'HTTP/1.1' if (! $protocol || $protocol eq 'INCLUDED');

次に、3008行目
return $ENV{'SERVER_PROTOCOL'} || 'HTTP/1.1'; # for debugging
を、下のようにコメントアウトします。
#return $ENV{'SERVER_PROTOCOL'} || 'HTTP/1.1'; # for debugging
ここも先頭に「#」を加えるだけです。

そして、その下に、以下の２行を加えます。
my $protocol = $ENV{'SERVER_PROTOCOL'};
return (! $protocol || $protocol eq 'INCLUDED') ? 'HTTP/1.1' : $protocol;

以上の方法で解決することができます。
しかし、再構築の際の小窓にも広告が表示されてしまい、ボタンがクリックできないことがありますので、当サイトで紹介している、「ｘ」ディレクトリ内に設置する方法をおすすめします。

今までの作業がきちんと行われていれば、ページの下部に「Movable Typeのシステム・チェックは、無事に完了しました」と表示されます。
表示されない場合は、今までに行った設定をもういちど確認しましょう。

「Movable Typeのシステム・チェックは、無事に完了しました」と表示された場合は、mt.cgiにアクセスします。
http://YOUR-ID.s***.xrea.com/x/任意のフォルダ/mt.cgi

「ログイン名」「メールアドレス」「使用言語」「パスワード」「パスワード再設定用のフレーズ」の設定画面が表示されますので、必要事項を記入し「インストールを続行」ボタンをクリックします。

自動的にインストールが開始され、完了すると「インストールが完了しました。」というメッセージと「Movable Typeにログインしてください」というボタンが表示されますので、ボタンをクリックします。

ログイン画面が表示されますので、先ほど設定した「ログイン名」と「パスワード」を使ってログインします。

ログインすると、ブログ一覧が表示されます。
はじめは「First Weblog」というブログが表示されているはずです。
その下の「重要！はじめにブログを設定してください。 」をクリックして初期設定を行います。

設定画面が出てきますので設定をしていきます。
ブログ名にはブログのタイトルを設定します。後から変更もできます。
サイトURLはブログを公開するアドレスを入力します。
http://YOUR-ID.s***.xrea.com/
が初期です。TOPページにWeblogを表示する場合はこのままで問題ありません。

たとえば、weblogというディレクトリ内にブログを公開したいなら、
http://YOUR-ID.s***.xrea.com/weblog/
とします。

続いてサイト・パスの設定をします。
この項目は、サイトURLと対応させます。
つまり公開するアドレスが　http://YOUR-ID.s***.xrea.com/　であれば
/virtual/YOUR-ID/public_html
とします。

http://YOURID.s***.xrea.com/weblog/　ならば
/virtual/YOUR-ID/public_html/weblog
です。

以上の変更をしましたら、「変更を保存」をクリックします。
「サイトを再構築する」のボタンが表示されますので、クリックして再構築します。
「サイトを確認」をクリックすると、サイトが確認できます。

公開されるブログは
http://YOUR-ID.s***.xrea.com/任意のディレクトリ/

管理画面は
http://YOUR-ID.s***.xrea.com/x/任意のディレクトリ/mt.cgi

以上でMTの設置は完了です。お疲れ様でした。